Le 4 septembre 1862, Robert Lee franchit le Potomac et progresse dans le Maryland. Les Sudistes s'emparent de la ville de Frederick. Les habitants leur réservent un accueil glacial. Lee espérait que les Nordistes auraient évacué la vallée de la Shenandoah pour défendre Washington. Néanmoins, l'armée du Potomac campe sur des positions défensives et notamment à Harper's Ferry. La ville constitue un obstacle sur sa route, mais en plus, elle renferme de nombreux dépôts d'équipements et de munitions. Thomas Jackson se voit confier la mission de prendre Harper's Ferry. La garnison de Harper's Ferry dispose de 14.000 hommes, un nombre suffisant pour supporter un siège. Néanmoins, le commandant Dixon Miles ne prend pas les mesures qui s'imposent. Il se contente de fortifier la ville sans se préoccuper des collines environnantes. Miles est un officier mal noté, déjà blâmé par la cour martiale pour alcoolisme et qui avait été affecté à Harper's Ferry dans le